临床研究中，数据安全非常重要，这就要求数据在采集、传输、修改、导出等过程中都要有相应措施保障安全。

物理环境的安全：系统应安装在安全的物理环境中，物理环境的安全性一般可通过如下措施得以保障：对载体接触人员的限制、记录和监控；双电源或UPS；防震、防火、防水、防热、防潮（非主观的）；防破坏、防盗窃（主观的）等。

网络环境的安全：即数据传输的电子网络（如互联网或局域网）所处的环境，亦应保证安全，一般可通过如下措施得以保障：建立防火墙或其他软硬件等以防病毒、木马、黑客、间谍软件入侵。

数据的安全：EDC系统应优先通过远程或异地备份系统服务器及其数据库，以确保系统运行的连续性和数据的安全性。当无法实现时，应使用离线备份装置定期备份并在适当的物理环境中予以保存。在EDC系统因不可控因素造成运行中断时，应及时采取应急预案，根据服务器和数据库备份，使系统在最短时间内恢复正常运作。此外，权限控制功能，以及完善的数据库锁定与解锁机制，可进一步保障系统和数据的安全。