如何简单构建新冠肺炎的预测模型?——附R、python、matlab代码

李健民

李健民

某医学AI公司

擅长:临床研究设计和分析
已关注
关注
2020-02-13 来源:医咖会

疫情开始的时候,我就坚守在发热门诊,下班后开始思考如何构建新冠肺炎的预测模型。查阅相关书籍和文献后,我发现这属于传染病动力学模型的范围,已经有一套成熟的理论。

随着疫情的进展,网上相关的文章也越来越多,但是里面的内容涉及比较多微积分的知识,对一线临床医生不太友好。最近正好在B站看见毕导的科普视频(https://www.bilibili.com/video/av85508117),我就以截图的参数为例,构建一个简单的SEIR模型,并附上R、python、matlab代码。对代码不感兴趣的同学可直接看原理和最后总结即可。

常见的传染病模型按照传染病类型分为 SI、SIR、SIRS、SEIR 模型等,用于研究传染病的传播速度、空间范围、传播途径、动力学机理等问题,以指导对传染病的有效地预防和控制。

首先介绍S、E、I、R几个重要的参数

1、S 类:易感者 (Susceptible),指未得病者,但缺乏免疫能力,与感染者接触后容易受到感染;在视频中,假设某区域的人口数为10000,那么第一天的S=N-I=9999

2、E 类:暴露者 (Exposed),指接触过感染者,但暂无能力传染给其他人的人,对潜伏期长的传染病适用;本例中第一天为0个。

3、I 类:感病者 (Infectious),指染上传染病的人,可以传播给 S 类成员,将其变为 E 类或 I 类成员;本例中第一天为1个。

4、R 类:康复者 (Recovered),指被隔离或因病愈而具有免疫力的人。如免疫期有限,R 类成员可以重新变为 S 类。本例中第一天为0个。

接下来看看图中的r、β、γ、α

1、r:感染患者(I)每天接触的易感者数目,本例为20

试读结束,兑换后即可解锁本专栏全部课程
评论
请先登录后再发表评论
发表评论
medi_27719386703
统计学都是大咖级别人物
2022-09-16 11:31:29 回复
0
medi_27172153516
请问这些数值是怎么来的 r = 20 # 传染者接触人数 b = 0.03 # 传染者传染概率 a = 0.1 # 潜伏者患病概率 y = 0.1 # 康复概率
2021-08-30 21:43:57 回复
0
李侗桐
这是模拟数据,可以根据实际研究自行设置
2021-09-27 15:44:55 回复
0
阳光下的向日葵
请问有模拟数据吗
2021-08-24 23:43:26 回复
0
李侗桐
这个教程木有对应的练习数据
2021-09-27 15:45:11 回复
0
使用课程券需先认证
为保证平台的学术氛围,请先完成认证,认证可免费享受基础会员权益
基础课程券2张
专属科研工作台
200积分
确认
取消
下载附件需认证
为保证平台的学术氛围,请先完成认证,认证可免费享受基础会员权益
基础课程券2张
专属科研工作台
200积分
确认
取消
APP下载 NEW
扫码下载APP
2张课程券
公众号
统计咨询
扫一扫添加小咖个人微信,立即咨询统计分析服务!
会员服务
SCI-AI工具
积分商城
意见反馈