包含基线值的2次重复测量数据

想比较三个组治疗后cd4的值是否有差异(不符合正态分布),如果没有基线值的时候,用k个样本的独立性非参数检验。如果存在治疗前基线值(不符合正态分布),且可能基线值就存在差异。这时候怎么处理?谢谢