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蛋白标签是利用DNA体外重组技术，与目的蛋白一起融合表达的一种多肽或者蛋白，以便于目的蛋白的表达、检测、示踪和纯化等。常用的蛋白标签有6xHIS、Flag、GST、MBP、Strep等。
一、6xHis Tag
6xHis是指六个组氨酸残基组成的融合标签，可插入在目的蛋白的C末端或N末端。组氨酸残基侧链与固态的镍有强烈的吸引力，可用于固定化金属螯合层析(IMAC)，对重组蛋白进行分离纯化。
序列：CATCACCATCACCATCAC
6xHis标签特点:
1.标签的分子量小，只有~0.84KD，一般不影响目标蛋白的功能；
2.His标签融合蛋白可以在非离子型表面活性剂存在的条件下或变性条件下纯化；
3.His标签融合蛋白也被用于蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA相互作用研究；
4.His标签免疫原性相对较低，可将纯化的蛋白直接注射动物进行免疫制备抗体；
5.可应用于多种表达系统，纯化的条件温和；
6.可以和其它的亲和标签一起构建双亲和标签。
二、GST Tag
GST(谷胱甘肽-S-转移酶) 标签蛋白本身是一个在解毒过程中起到重要作用的转移酶，是一种由 211 个氨基酸组成的蛋白，分子量约为 26 kDa。天然 GST 负责保护细胞免受有害化合物和氧化应激的影响。GST 的一个主要特性是其对三肽（谷胱甘肽）具有亲和性，可在亲和层析中使用。含有 GST 的溶液在经过内衬固定化谷胱甘肽的色谱柱时，GST 会与谷胱甘肽结合，将其与溶液的其余部分分离。
序列:
TCCCCTATACTAGGTTATTGGAAAATTAAGGGCCTTGTGCAACCCACTCGACTTCTTTTGGAATATCTTGAAGAAAAATATGAGGAGCATTTGTATGAGCGCGATGAAGGTGATAAATGGCGAAACAAAAAGTTTGAATTGGGTTTGGAGTTTCCCAATCTTCCTTATTATATTGATGGTGATGTTAAATTAACACAGTCTATGGCCATCATACGTTATATAGCTGACAAGCACAACATGTTGGGTGGTTGTCCAAAAGAGCGTGCAGAGATTTCAATGCTTGAAGGAGCGGTTTTGGATATTAGATACGGTGTTTCGAGAATTGCATATAGTAAAGACTTTGAAACTCTCAAAGTTGATTTTCTTAGCAAGCTACCTGAAATGCTGAAAATGTTCGAAGATCGTTTATGTCATAAAACATATTTAAATGGTGATCATGTAACCCATCCTGACTTCATGTTGTATGACGCTCTTGATGTTGTTTTATACATGGACCCAATGTGCCTGGATGCGTTCCCAAAATTAGTTTGTTTTAAAAAACGTATTGAAGCTATCCCACAAATTGATAAGTACTTGAAATCCAGCAAGTATATAGCATGGCCTTTGCAGGGCTGGCAAGCCACGTTTGGTGGTGGCGACCATCCTCCAAAATCGGAT
GST标签特点:
GST标签蛋白可直接从细菌裂解液中利用含有还原型谷胱甘肽琼脂糖凝胶亲和树脂进行纯化。GST标签蛋白可在温和、非变性条件下洗脱，因此保留了蛋白的抗原性和生物活性，结合的融合蛋白在非变性条件下用10mM 还原型谷胱甘肽洗脱。GST在变性条件下会失去对谷胱甘肽树脂的结合能力，因此不能在纯化缓冲液中加入强变性剂如：盐酸胍或尿素等。如果要去除GST融合部分，可用位点特异性蛋白酶切除。
三、MBP Tag
MBP（麦芽糖结合蛋白）标签蛋白大小为40kDa，由370个氨基酸残基组成，由大肠杆菌K12的malE基因编码。MBP可促进连接蛋白的正确折叠，增加在细菌中过量表达的融合蛋白的溶解性，尤其是真核蛋白。
序列：AAAATCGAAGAAGGTAAACTGGTAATCTGGATTAACGGCGATAAAGGCTATAACGGCCTAGCTGAAGTCGGTAAGAAATTCGAGAAAGATACCGGAATTAAAGTCACCGTTGAGCATCCGGATAAACTGGAAGAGAAATTCCCACAGGTTGCGGCAACTGGCGATGGCCCTGACATTATCTTCTGGGCACACGACCGCTTTGGTGGCTACGCTCAATCTGGCCTGTTGGCTGAAATCACCCCGGACAAAGCGTTCCAGGACAAGCTGTATCCGTTTACCTGGGATGCCGTACGTTACAACGGCAAGCTGATTGCTTACCCGATCGCTGTTGAAGCGTTATCGCTGATTTATAACAAAGATCTGCTGCCGAACCCGCCAAAAACCTGGGAAGAGATCCCGGCGCTGGATAAAGAACTGAAAGCGAAAGGTAAGAGCGCGCTGATGTTCAACCTGCAAGAACCGTACTTCACCTGGCCGCTGATTGCTGCTGACGGGGGTTATGCGTTCAAGTATGAAAACGGCAAGTACGACATTAAAGACGTGGGCGTGGATAACGCTGGCGCGAAAGCGGGTCTGACCTTCCTGGTTGACCTGATTAAAAACAAACACATGAATGCAGACACCGATTACTCCATCGCAGAAGCTGCCTTTAATAAAGGCGAAACAGCGATGACCATCAACGGCCCGTGGGCATGGTCCAACATCGACACCAGCAAAGTGAATTATGGTGTAACGGTACTGCCGACCTTCAAGGGTCAACCATCCAAACCGTTCGTTGGCGTGCTGAGCGCAGGTATTAACGCCGCCAGTCCGAACAAAGAGCTGGCAAAAGAGTTCCTCGAAAACTATCTGCTGACTGATGAAGGTCTGGAAGCGGTTAATAAAGACAAACCGCTGGGTGCCGTAGCGCTGAAGTCTTACGAGGAAGAGTTGGTGAAAGATCCGCGTATTGCCGCCACTATGGAAAACGCCCAGAAAGGTGAAATCATGCCGAACATCCCGCAGATGTCCGCTTTCTGGTATGCCGTGCGTACTGCGGTGATCAACGCCGCCAGCGGTCGTCAGACTGTCGATGAAGCCCTGAAAGACGCGCAGACT
MBP标签特点:
亲和纯化在生理条件下进行，使用麦芽糖进行温和洗脱，温和的洗脱条件保持了MBP标记的蛋白质的活性，结合的融合蛋白可用10mM麦芽糖在生理缓冲液中进行洗脱。缓冲条件为pH7.0到8.5，盐浓度可高达1M，但不能使用变性剂。如果要去除MBP融合部分，可用位点特异性蛋白酶切除。
四、Strep-II Tag
Strep-tag技术开发的原理是众所周知的生物素和抗生物素蛋白链菌素之间的结合反应。由8个氨基酸(Trp-Ser-His-Pro-Gln-Phe-Glu-Lys)构成的短序列并称之为Strep-tag II。因为它的分子量很小，只有1.06kDa，所以不会遮盖融合蛋白中其他的蛋白表位和结构域，更不容易改变融合蛋白的功能、分泌或是运输。
序列：TGGAGCCACCCGCAGTTCGAAAAA
Strep-II标签特点:
1.纯化过程温和、目的蛋白纯度高、特异性强、兼容多种表达系统，对于有挑战性蛋白的纯化十分有帮助。
2.对洗脱试剂有一定的要求，洗脱时需改用脱硫生物素(Desthiobiotin)。
五、Flag Tag
Flag标签蛋白为编码8个氨基酸的亲水性多肽，同时载体中构建的Kozak序列使得带有FLAG的融合蛋白在真核表达系统中表达效率更高。
序列：GATTACAAGGATGACGACGATAAG
Flag标签特点:
Flag作标签不会影响目的蛋白的功能、性质，融合Flag的目的蛋白，可以直接通过 Flag进行亲和层析，可以被抗FLAG的抗体识别，可以通过Western Blot、ELISA等方法对含有 Flag的融合蛋白进行检测、鉴定。融合在N端的Flag，其可以被肠激酶切除（DDDK），从而得到特异的目的蛋白。